昨今の医療費抑制圧力は，国立大学附属病院をも聖域とは見なさず，独立行政法人化問題に代表されるように，厳しい経営環境にさらされている．現在宮崎医大では，収入の約4％を医療情報システムレンタル料に充てている．しかし，それに見合う収入増を果たしているかは疑問である．新システム（PHOENIX2000）では，経営改善に資するシステム作りが重要な課題となっている．
医療情報システムによる経営改善として，以下の3つが挙げられる．
経営分析システムの構築
経営的観点から見たクリティカルパスの導入
情報中核病院化と地域病院との連携
経営分析システムの構築
宮崎医大では，1998年より経営改善のための経営分析システムの開発を行っている．
1. 特徴
経営分析システムの特徴として，次のものが挙げられる．
(ア) 収入，支出の両者を網羅し，収支（利益）を計算できる．
(イ)収入，支出とも，日毎，患者ごとの粒度で情報を抽出する．細かな粒度で情報を保持しているため，多様な集計に対応できる．
(ウ)全ての情報は，共通フォーマットに変換されているため，施設間の違いを比較するのに適す．
(エ)共通フォーマット（P-FAIR，H-FAIR）に変換されているため，今後共通フォーマットに対応した分析システムを開発することが容易であり，また，開発したものを他施設へ流用可能である．
2. P-FAIR （Patient Financial Analysis InfoRmation）
患者単位の日次の収入，支出データを共通化するフォーマットである．収入データは10分類，約50分類，さらに細かな分類（オプション）と3段階の粒度を選択できる．経費は，主として次のH-FAIRのデータより按分により算定する．以下のセクションよりなる．
患者識別情報
住所，郵便番号
健康保険情報
診断履歴情報
患者経営分析情報
診療報酬請求額
日次，患者ごと
診療行為区分別
手術，検査，レントゲン，諸収，基本料は明細
患者支出情報
日次，患者ごと
（H-FAIRの情報を元に算定）
3. H-FAIR （Hospital Financial Analysis InfoRmation）
主として経費算定に必要な病院（部署，職員）単位の情報を共通化するフォーマットである．支出（材料，共通管理経費，人件費）を按分により，日次，患者ごとに集計する．以下のセクションよりなる．
面積病床数情報
共通病床情報
人事情報
職員給与 情報
職員勤務時間
教育，研究，診療別
費用情報
経費算定情報 （按分ルール）
患者数統計
収入情報統計
支出情報統計
4. 本システムでできること
全ては運用次第であるが，以下の経営分析手法を想定している．
収支分析，患者数統計
地域別 年齢別
診療科別分析
疾患別 （DRG，ケースミックススタディ）
クリティカルパス
入院時系列分析（在院日数の損益分岐点）
部門経費
教育，研究に費やす人件費
経営的観点から見たクリティカルパスの導入
経営分析結果を経営改善につなげるために，クリティカルパスを導入する．以下，ステップを追って説明する．
1. 経営分析システムから疾患ごとの入院経過（パス）を抽出
P-FAIRのフォーマットは，日毎患者ごとの診療内容と，収支情報が抽出できるため，実際の入院経過が収支の情報も含めて分かる．疾患ごとの解析のためには，病名を，正確にコード化しておくことが必要であり，宮崎医大ではICD10（標準病名マスタ）を採用する．
2. 在院日数から見た損益分岐点を元に，経営上好ましいパスを作成
P-FAIRの収支情報を元に，疾患ごとに損益分岐在院日数を調査し，経営上好ましいパスを作成する．
3. 上記パスをオーダリングのセットオーダーとして登録
診療科医師に具体的な診療計画を与える．これにより，明確に経営的観点からの指針を示すことができる．
情報中核病院化とと地域病院との連携
広域ネットワーク（WAN）上に電子カルテの連携用データベースを設置，運営し，宮崎医大を含めた複数の医療機関で診療情報交換を行う．データフォーマットはMMLを用いる．
宮崎医大を軸に診療情報交換を行い，宮崎県の情報中核病院を目指す．電子カルテの普及を促進することが重要である．
情報中核病院化のメリット
1. 当院への紹介患者数の増加（地域病院の囲い込み）
日頃から地域病院の医師の相談に乗り，診療アドバイスを行う．必要に応じて，積極的に患者を引き取る．
2. 在院日数短縮のための地域病院への転院の促進
カルテ情報のシームレスな運用（一患者一カルテ）をなるべく実現し，病院を移っても診療内容に切れ目が生じないようにする．
3. 中核病院としての存在感のアピール
大学病院の生き残りを掛けて，地域での存在意義をアピールする．
